Программа не записывает в файл контейнера какие-либо маркеры без явного запроса пользователя.
Маркеры позволяют определять формат файлов по его содержимому.
Без маркера в файле нельзя доказать (без пароля), что это контейнер программы Cryptic Disk, что внутри хранится зашифрованная информация. Содержимое файла выглядит как случайный набор данных.
Не знаете, какого размера нужен зашифрованный контейнер? Не беда!
Используйте опцию резинового размера. Программа будет увеличивать размер файла контейнера по мере того, как Вы будете добавлять в него новые данные.